Trädgården kom nu att bli en ”levande lärobok” där man kunde gå runt bland blommor och blad och få exempel på klass efter klass ur Linnés sexualsystem.

I ett kvarter (Area vernalis) nära orangeriet samlade han de vårblommande växterna, i ett annat (Area autumnalis) de höstblommande. Runt hela trädgården lät han plantera olika arter av träd och buskar. I orangeriet, växthuset, hade han sina tropiska växter – bland annat kaffebuske, bananplantor, kentjer, ris och tebuskar (som dock snart dog). Linné kunde sända bananer från sina egna odlingar till kungaparet i Stockholm. Sammanlagt odlade Linné ca 2157 växtarter i akademiträdgården.

Men Linné hade även djur i sin trädgård. Här satt papegojor och tjoade, med Linnés röst, ”Snyt dig!”. Här försökte apor stjäla hattarna för besökande och en tvättbjörn ville bli klappad. Påfåglar spatserade omkring och visade sina vackra stjärtfjädrar. I sjödammen, Aquarii lacustre, simmade guldfiskar. Växter och djur till trädgården fick Linné fatt i på en mängd olika vägar. Kungaparet Adolf Fredrik och Lovisa Ulrika, som bägge hade stora naturaliesamlingar, skänkte flera djur. Även från andra kungahus, forskare ute i världen, Ostindiska kompaniet och från sina egna lärjungar på resa fick han såväl djur som levande växter men framförallt frön från olika växter.